| 観応2年（1351年） | 九老僧大経阿闍梨日輪上人、妙元寺を開山。 |
| 同年 | 地頭、秋元刑部が自身の屋敷を献上。名を「日長」と改め2代目住職となる。諸堂建築に尽力し、祖師堂、本堂、釈迦堂、七面堂、鬼子母神堂、番神堂、方丈、惣門を建立。 |
| 宝徳3年（1451年） | 本寂院日當上人、9間×7間の本堂を建立 |
| 文亀3年（1503年） | 祖師堂改築及び歴代先史諸堂整備を行うも幕府より※迫害を受け荒廃する。 |
| 正保4年（1647年） | 妙壽院日和上人、寺門の復興に尽力 |
| 享保11年（1726年） | 秀光院日芳上人、本堂、庫裡、釈迦堂、惣門等を復興 |
| 天保2年（1831年） | 宗祖550遠忌法要を厳修。大門に宝塔を建立 |
| 慶応2年（1866年） | 11月26日、失火により全焼。本尊1体を残し焼失する。 |
| 慶応3年（1867年） | 比企谷妙本寺、日具上人により庫裡を再建。 |
| 明治12年 （1879年） | 第25代慈観院日道上人、檀信徒の外護により本堂を再建 |
| 明治16年 （1883年） | 第26代恵正院日喜上人、在住40余年の間に寺門興隆のために尽力。 |
| 昭和4年 （1929年） | 第27代大是院日完上人、慶応2年の大火により焼失した過去帳の整備に尽力するが翌昭和5年（1930年）に深谷大法寺（現在の綾瀬市）に移り当時は兼務状態なる。 |
| 昭和9年 （1934年） | 大是院日完上人が病衰のため兼務が厳しくなり約4年無住状態が続いたが、第28代法信院日保上人が後を継ぐ。 |
| 昭和38年 （1963年） | 日保上人、本堂の改築を行う |
| 昭和46年 （1971年） | 日蓮聖人降誕750年記念事業として門柱、玉垣を造営 |
| 昭和50年 （1975年） | 在住42年、悲願であった本堂新築を見ることなく、法信院日保上人、 病のために遷化 |